制作山東酒曲時的原輔材料的發酵時間以及原輔材料保存環境內的環境溫度也會有所影響。時間段和環境溫度是影響原輔材料發酵的根本原因，如果濟寧酒曲發酵的時間段比較長，那樣可以確保發酵，但是如果發酵的時間段比較短的話，那樣發酵肯定是不夠的。常用原輔材料的粗細程度也會對原輔材料的發酵有一定的影響。

一般情況下，原輔材料越細，它的粒度就會越小，對酒曲內的糖化劑的接觸總面積就越大，原輔材料接觸酒曲的總面積越大，越能縮短發酵時間。而且有沒有對原輔材料進行一個很好的攪勻工作，也會影響濟寧酒曲的發酵。攪勻的目的就是確保所有的原輔材料都可以充足發酵，像是器皿底部的原輔材料就是非常不容易發酵的，可是如果將它攪勻一下，就可以確保所有原輔材料的發酵勻稱。

在山東酒曲制造時使用水源的質量問題。在釀酒的時候，肯定是離不了對于水的使用的，水又被稱作酒曲之血，如果水的質量不太好的話，肯定會對原輔材料的發酵有一定的影響。